自由現金流量法估價的基石是未來的自由現金流量和折現率。但它的使用要有一定的假設：公司在被估價時有正的現金流，并且未來的現金流可以較可靠地加以估計，同時，又能根據現金流相關特征確定恰當的折現率，那么就適合運用自由現金流量折現法。但現實情況與模型的假設條件往往大相徑庭，特別對干以下幾類公司，自由現金流量運用存在其局限性。

陷人財務困難狀態的公司

其當前的收益和自由現金流量一般為負，并很難斷定何時公司會走出困境，而且公司有可能會走向破產。對這類公司估計現金流量十分困難。

擁有未利用專利或產品選擇權的公司

它們在當前并不產生任何現金流量，預計近期也不能產生現金流量，但我們不能否認專利或選擇權所具有的價值，對這個問題，我們可以在公開市場上對這些資產進行估價，然后將其加入現金流量折現模型估價之中。

擁有未被利用資產的公司

自由現金流量折現法反映了產生現金流資產的價值。如果有資產未被利用，則其價值未體現在現金流中。如果有資產未被充分利用，也會產生類似問題，只是程度不同。通常我們可以單獨獲得此類資產的價值，然后把它加到計算出的價值中。從這個方面，我們可以理解上市公司的市盈率偏高的原因之一。因為上市公司普遍管理水平較低，企業盈利水平未能充分反映其潛在的贏利能力。

對非上市公司

最大的問題在于非上市公司的風險難以度量從而難以確定適當的折現率。因為多數風險/收益模型要求根據被分析資產的歷史價格來估算風險參數。由于非上市公司的股票不在公開市場上交易，所以這一要求無法滿足。解決方法之一就是考察可比上市公司的相關數據來確定。

涉及并購事項的公司

對涉及并購的公司，至少要解決兩個重要問題：首先，并購是否會產生協同效應協同效應的價值是否可估計?如果可單獨估計，應將其單獨估計。但這種估計極為主觀。其次，公司管理層變動對公司現金流量和風險的影響，在敵意并購導致的目標公司管理層大范圍離職時，尤其應注意其影響。

由于上述局限性的存在，為企業價值評估帶來較大困難。要正確使用自由現金流量對企業的價值做出評估，必須充分考慮公司自由現金流量產生的基本因素及其對預期自由現金流量的影響，因此在實際運用時，非常依賴與公司相關的一切財務信息，甚至還要一些非財務報表信息，并將這些信息所引起的變化反映在預期現金流量及其增長狀況中，使估值結果更符合實際。

但同時，現有的業績報告為估價帶來了困難。由于目前國內的會計制度還不非常完善，每年都要出臺相應的補充解答來滿足各企業的需求，從而也導致了有些行業要時常調整報表數，造成連續幾年的數據較難具有可比性。