是否需要補辦外經證并預繳稅款取決于具體情況，以下是一些需要考慮的因素：


合同性質：變壓器安裝項目可能被視為獨立的工程合同，而非原外墻施工合同的一部分。如果是這樣，可能需要根據當地稅務規定辦理新的外經證并預繳稅款。
稅務規定：不同地區的稅務規定可能有所不同。東莞的稅務機關可能要求對在其管轄范圍內進行的工程項目辦理外經證并預繳稅款，即使該項目與之前的合同有關。
完工和收款時間：盡管項目已于23年年底完工并收款，但如果之前沒有辦理相關手續，現在補辦外經證并預繳稅款可能會被視為逾期。然而，具體的逾期認定和處理方式可能因地區而異。有些地區可能會收取滯納金或罰款，而其他地區可能會有一定的寬限期或特殊處理程序。
與稅務機關溝通：建議你與東莞的稅務機關聯系，咨詢他們關于補辦外經證和預繳稅款的具體要求和程序。他們將能夠根據當地規定提供準確的指導，并告知你是否存在逾期以及可能的后果。
保留相關證據：確保保留與該變壓器安裝項目相關的所有合同、發票、付款憑證等文件，以備可能的稅務審查。這些文件可以作為你按時完工和收款的證據，并在需要時提供給稅務機關。


補辦外經證的時間限制可能因地區而異。根據中華人民共和國商務部《香港和澳門特別行政區居民赴內地就業外經證管理暫行辦法》（以下簡稱《暫行辦法》）的規定，外經證的有效期為三年，若有效期到期，外經證持有人可以進行一次有效期延期，期延期至三年。 因此，假如已經補過一次了，未能在三年有效期內辦理完外經證補辦手續，則無法再次補辦外經證。在經過三年有效期之后，就需要重新辦理外經證，同時也需要做好有關工作，確保能夠按時補辦外經證，以避免造成不必要的損失。


在申請外經證補辦時，需要準備的材料包括身份證、外經證申請表、學歷學位證明文件、在職證明、有效護照及照片等。申請人還需要支付相關補辦費用，而補辦費用數額則根據個人的實際情況而定。