第六條匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。也就是說，跨省一級的總分支機構都必須按照57號公告進行匯總納稅，50%由總機構就地繳納，剩余50%在分支機構間按照3因素分配法即營業收入35%、職工薪酬35%、資產總額30%進行分配，注意若總機構為具有主體生產經營職能的部門，也視同一個二級分支并入分配。
       但是按照57號公告的相關規定第二十四條 以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供本辦法第二十三條規定相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅，不執行本辦法的相關規定。按上款規定視同獨立納稅人的分支機構，其獨立納稅人身份一個年度內不得變更。匯總納稅企業以后年度改變組織結構的，該分支機構應按本辦法第二十三條規定報送相關證據，分支機構所在地主管稅務機關重新進行審核鑒定。
      網友提問：對于企業所得稅匯總納稅企業，小型微利企業標準中的從業人數、資產總額是否包括分支機構的部分？國家稅務總局所得稅司副司長劉寶柱：現行企業所得稅實行法人稅制，企業應以法人為納稅主體，計算從業人數、資產總額等指標，即匯總納稅企業的從業人數、資產總額應包括分支機構的數據。包含分支機構的匯總納稅企業從業人數、資產總額和應納稅所得額如超過小型微利企業標準，自然不能享受小型微利企業所得稅優惠。由總機構匯總納稅和與各分支機構盈虧相抵賦予總機構稅收監管責任。