員工工資扣款的賬目處理包括以下步驟：

1、 由企業(yè)確認員工的扣款明細，確保其合法性。

2、 在憑證登記簿中記賬，核對實發(fā)工資，記為應(yīng)付職工薪酬。

3、將扣款項記為貸方，根據(jù)不同扣款項對應(yīng)不同科目，如公積金貸方記入財務(wù)費用-其他應(yīng)付款；醫(yī)療保險貸方記入財務(wù)費用-其他應(yīng)付款；社會保險貸方記入應(yīng)交稅費-社會保險費；個人所得稅貸方記入財務(wù)費用-其他應(yīng)付款或者應(yīng)交稅費-個人所得稅；利息貸方記入財務(wù)費用-利息支出；報銷費用等。

4、 記入應(yīng)付職工薪酬的借方金額應(yīng)減去相應(yīng)的扣款金額。

5、將所扣款項匯總，記入支付職工薪酬的借方，貸方記入“應(yīng)付職工薪酬”科目。

6、 向各個機構(gòu)支付扣款金額，記入應(yīng)付職工薪酬借方，貸方分別登記到各自對應(yīng)的科目。

拓展知識：財務(wù)處理工資扣款時一定要嚴格遵守相關(guān)法律法規(guī)，充分保護好員工的權(quán)益。此外，財務(wù)管理人員也可以采取一些管理措施，提高工資扣款的審批效率，實現(xiàn)工資發(fā)放的及時性和準確性。