《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2008]28號）第六條規定，就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。

第七條規定，匯總清算，是指在年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。

第十九條規定，總機構和分支機構應分期預繳的企業所得稅，50%在各分支機構間分攤預繳，50%由總機構預繳。總機構預繳的部分，其中25%就地入庫，25%預繳入中央國庫，按照《財政部、國家稅務總局、中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法〉的通知》（財預[2008]10號）文件的有關規定進行分配。

關于二級分支機構的判定問題。《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）規定，二級分支機構是指總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的領取非法人營業執照的分支機構。

以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供有效證據證明其二級及二級以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅，不執行《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2008]28號）的相關規定。

若是跨省（自治區、直轄市和計劃單列市）成立分公司，對其財務、業務、人員等由總機構直接進行統一核算和管理并領取非法人營業執照的分支機構。分支機構應按規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。在年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。

若分公司獨立核算應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅。