公司注銷后，如果有虛開進項發票，是可以查的出來的，只不過因為主體已經注銷了，即使已經查出來有虛開發票，稅局也已經無法追究虛開發票的違法責任了，如果是注銷之前發現，就可以按稅法規定追究相應法律責任的。