財務會計將“利潤”作為一個會計要素，而非盈利組織會計并未將“結余”作為會計要素，但在會計核算中又規定設置了“結余分配”“事業結余”和“經營結余”科目，在收入支出表中也列出了“結余”和“結余分配”項目。從會計要素角度看，“結余”與“利潤”并沒有實質性區別，因而在1998年預算會計制度改革時，是否設“結余”要素就有很大爭議。目前，預算會計理論界已普遍贊同把原來的五個要素改為六個要素(即增加“結余”要素)的設想。

政府及非盈利組織的資產負債表和收入支出表，與會計的資產負債表和損益表的性質相同，但非盈利組織的資產負債表卻采用了類似于“科目匯總表”的結構形式，將所有科目按照“資產部類”和“負債部類”左右順序排列，編制時只要把報告日的各科目余額直接填入即可。另外，非盈利組織由于采用修正的權責發生制(一般情況下采用收付實現制，實行內部成本核算的可采用權責發生制)，因而只有通過編制現金流量表才能反映其資金的收支結存情況，但現行非盈利組織會計準則沒有編制現金流量表的規定。

根據政府機構改革的方案，除少數公益性非盈利組織仍由政府財政供給以外，絕大部分非盈利組織將逐漸取消財政撥款，以市場為導向，實行真正的自負盈虧。按照這種思路，非盈利組織實行自負盈虧后，有些業務性質與財務會計相同，其會計政策與會計核算要求與財務會計不會有大的差別。但現行制度規定非盈利組織會計采用的計量方法卻不同于財務會計，如非盈利組織的固定資產不提折舊，不反映凈值，不計提壞賬準備和存貨跌價準備等等。

非盈利組織會計準則雖然規定會計核算一般采用收付實現制度，但在非盈利組織會計制度中仍然設置了與企業財務會計基本相同的應收。應付科目，對一些應收未收和應付未付的收支項目采用權責發生制進行確認。可見，在非盈利組織會計實務中，大多數情況下實際采用的是權責發生制。另外，在非盈利組織會計準則和會計制度中沒有明確規定的事項，如盤盈盤虧財產物資的處理程序、內部成本核算方法等都企業會計進行處理。