處理收到的工程款小于給對方開票的金額的情況，通常有以下幾種方案：

1、通知乙方重新足額支付貨款，如果乙方拒絕支付的，甲方可以通過法律途徑對其實施強制執行；

2、甲方可以發起信用訴訟，要求乙方履行票據支付義務，甲方可以明確要求乙方支付票據簽訂時所約定的貨款；

3、甲方可以通過與乙方進行協商、調解的方式解決糾紛，雙方協商一致后簽訂書面協議，由雙方共同承擔法律后果；

4、甲方可以暫不向乙方支付票據，等待乙方支付完畢，在支付完畢后再向乙方進行支付。

以上是處理收到的工程款小于給對方開票的金額的幾種方案，應該根據現實情況，選擇最適合的方案。

另外，在進行貨款支付時，為了預防收到款小于給對方開票的金額的情況發生，訂貨雙方最好在貨款支付前，簽訂書面協議，明確雙方的貨款支付義務和期限，雙方都有義務按照協議的約定履行貨款支付義務，以保障雙方權益。