這種情況下，可能存在以下方面的影響，需要仔細考慮利弊：


利的方面：


可能滿足 B 廠的業務需求，促成這筆設備交易。


弊的方面：


稅務負擔增加：成為一般納稅人后，增值稅稅率通常會高于小規模納稅人。小規模納稅人的增值稅征收率通常為3%（目前可能有免稅等優惠政策），而一般納稅人的增值稅稅率根據不同業務可能為13%等。如果公司沒有足夠的進項抵扣，稅負可能會上升。
稅務管理要求提高：一般納稅人在稅務申報、賬務處理等方面的要求更為嚴格和復雜，需要更加規范的財務核算和稅務管理。
增加運營成本：為了滿足一般納稅人的要求，可能需要投入更多的人力、時間和資源來進行財務管理和稅務處理。


此外，還需要注意以下幾點：


小規模納稅人連續12個月或累計4個季度銷售額超過500萬元（不含稅），會被強制要求升級為一般納稅人。但年應稅銷售額未超過規定標準的小規模納稅人，如果會計核算健全、能夠提供準確稅務資料的，也可以申請辦理一般納稅人登記。
公司在為 B 廠購買設備并開票的過程中，需確保業務的真實性和合法性，按照相關稅收法規進行操作，避免稅務風險。
即使升級為一般納稅人，也需要關注進項抵扣的問題。從 A 廠取得的設備發票可以作為進項稅額進行抵扣，但要注意發票的合規性和抵扣條件。


在決定是否進行這樣的操作之前，建議公司綜合考慮自身的實際情況、財務狀況以及未來的發展規劃。同時，也可以咨詢專業的稅務顧問，以獲取更詳細、準確的建議，確保決策符合公司的利益，并遵守相關的稅收法規。


另外，關于農產品購進和銷售，小規模納稅人購進農產品時，賬務處理通常為（假設不考慮進項稅額）：


借：庫存商品（農產品）


貸：銀行存款等


銷售農產品時：


借：銀行存款等


貸：主營業務收入


應交稅費 - 應交增值稅（銷項稅額）


如果公司符合相關條件，銷售農產品可能享受增值稅免稅政策，具體政策和賬務處理還需根據實際情況確定。而一般納稅人購進農產品的進項稅額抵扣，存在多種情況，需根據取得發票的類型（如增值稅專用發票、農產品收購發票等）以及用于生產的產品等因素來確定具體的抵扣方式和稅率。


例如，從一般納稅人購進農產品取得增值稅專用發票，可按發票上注明的增值稅額進行抵扣；從農業生產者購進農產品取得農產品銷售發票或收購發票的，以農產品買價和規定的扣除率計算進項稅額等