如果掛靠方（實際施工人）借用資質的建筑施工企業（被掛靠方）為失信被執行人，會導致被掛靠方的銀行賬戶被法院凍結，在這種情況下，發包單位（甲方）通常不會將預付款和進度款打入被掛靠方的賬戶。針對這種情況，通常有以下三種解決方案：


  1.以被掛靠方名義起訴：盡管被掛靠方已被列為失信被執行人，但如果掛靠方以被掛靠方名義起訴，并在起訴書中明確指出發包人應在欠付工程款范圍內承擔責任，那么法院有可能判決發包人直接向掛靠方支付工程款。
  2.直接起訴發包人：根據《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十六條規定，實際施工人以發包人為被告主張權利的，人民法院可以追加轉包人或者違法分包人為本案當事人。發包人只在欠付工程價款范圍內對實際施工人承擔責任。因此，掛靠方可以直接起訴發包人，要求其支付工程款。
  3.簽訂三方協議：由發包單位（甲方）、被掛靠方和掛靠方（實際施工人）簽訂三方協議，約定將工程款直接支付給掛靠方。這種方式需要得到發包單位的同意，并確保三方協議的合法性和可執行性。


如果采用簽訂三方協議的方式，開票和付款流程如下：


  1.簽訂合同：首先，簽訂三方協議，明確各方責任和權利，包括付款方式、發票開具等。
  2.申請付款：掛靠方向被掛靠方提交付款申請，被掛靠方審核后向發包單位（甲方）發出付款指示。
  3.付款：發包單位（甲方）收到付款指示后，按照協議約定將款項直接支付給掛靠方。
  4.發票開具：被掛靠方根據實際收到的款項，向發包單位（甲方）開具相應金額的發票。