對于個體工商戶在沒有核定稅額的情況下，開了100萬的普通發票需要繳納的稅款，這主要取決于具體的經營內容、適用的稅率以及相關的稅收優惠政策。
首先，需要明確的是，個體工商戶的納稅方式主要包括查賬征收和核定征收兩種。查賬征收是根據企業的實際利潤來計算稅額，而核定征收則是根據企業的收入或其他相關指標來核定稅額。在沒有核定稅額的情況下，如果稅務局沒有給個體戶定稅，建議咨詢當地稅務機關，了解具體的納稅方式和稅率。
其次，對于普通發票的開具，需要確保所有交易都是真實合法的，并且按照規定的稅率進行納稅。具體的稅額計算會涉及到適用的稅率和可抵扣的進項稅額等因素。