風險導向審計程序可分五個階段：
(一)通過調查、了解、分析、評估等方法執行一般計劃并確認重要的審計領域，識別重要的風險領域，目的是評估固有風險，確認重要的審計范圍，一般在審計計劃開始時進行。
(二)了解和評估重要的資料來源，目的是尋找并確定控制弱點，一般在期中審計進行
(三)執行初步風險評估，目的是通過風險評估，選擇可靠的、有效率的、有效果的審計程序。
(四)擬定與執行審計計劃，通過實施審計程序獲取審計證據。
(五)繼續整理前幾步提出的問題，審核期后事項、對財務報表實施分析程序和審核工作底稿，將審計結論形成書面文件，出具審計報告。