商貿會計成本核算需要一個可信任的憑證體系來支持，比如采購憑證、銷售憑證以及庫存收發單等。另外，還需要一個全面的賬務處理流程，包括單據的審核歸檔、賬戶的記賬核對、合并賬表的匯總等操作。至于存貨自用和自然損壞的出庫，應該先確認存貨的貨物類別，然后將出庫的存貨支出記入相應的成本科目中，比如原材料、低值易耗品等。同時要注意稅務處理工作，商品交易時要依據當地稅收法規執行相關稅收管理政策。