是的，農民合作社可以申請開具農產品普票，且普票可以抵扣增值稅進項稅，但需要注意的是，只有農民合作社為變動性增值稅征收的，并且購買農產品給出普票的，可以用于抵扣增值稅進項稅。此外，為了防止普票的濫用，企業必須保證普票的真實性和完整性，否則企業將承擔相應的責任。拓展知識：企業可以使用信用票據代替普票，來抵扣增值稅進項稅，以方便企業報銷。