通常情況下，直接購進農產品用于生產加工后，發票上注明的價款44萬元可以抵扣進項稅。具體執行方法是，買方在當期核定稅額中減去采購農產品的進項稅額，并將其納入累計進項稅額。例如，某公司購進了一批農產品，發票上注明的價款為44萬元，根據稅務機關規定可以抵扣進項稅，則本期應抵扣的進項稅額為44萬元，抵扣金額將納入累計進項稅額中。應用案例：2016年1月1日，某農業公司購進了一批農產品，發票上注明的價款為44萬元，經稅務機關批準可以抵扣進項稅，本期我們應抵扣的進項稅額為44萬元，抵扣金額將納入累計進項稅額中。