從內部控制角度看，所有補貼都需要有具體的財務手續才能發放，以此保證發放補貼的真實性。此外，應當合理設計完善的內部控制程序，建立完善的用印制度，建立用章制度，簽發補貼證明，審核支付憑證，作好報銷金額的記賬據。 
從涉稅角度，有可能涉及稅務風險，如違反專款專用則可能會引發支出違反預算法的處罰，若不合理安排補貼對象則可能會發生受益者漏稅等問題，所以應當做好費用的核實，安排合理的補貼對象，并確保公司和補貼對象都能嚴格按稅務部門的要求完成納稅。例如，可以針對可預見的稅務風險，建立防范和控制機制，從而減輕稅務風險。 
從核算角度，補貼支付可以進入“管理費用”科目，具體的核算步驟是：借：應付職工薪酬；貸：其他應付款；借：其他應付款；貸：現金。