勞務派遣公司開票后，應由勞務派遣公司按照國家規定繳納勞務派遣員工的個人所得稅。首先，勞務派遣公司應當按照規定采取管理手段，驗證勞務派遣員工的合法身份，并根據有關稅務法律法規計算應繳納的稅款。然后，勞務派遣公司應當將繳納的稅款交至國家稅務機關，并出具納稅申報表。用工單位無需參與申報、繳納勞動者的個人所得稅。 
 
拓展知識：自2013年7月起，中國國家稅務總局對勞務派遣行業實施專項檢查，目的是強化勞務派遣行業中稅收管理，促進普惠性、公正性稅收環境。此次檢查也暴露了勞務派遣行業中存在的一些問題，如勞務派遣公司虛假申報、故意避稅，用工單位不與勞務派遣公司共同履行申報義務等。