殘疾人保證金備案流程如下： 
 
1、殘疾人進行備案：殘疾人需要通過病歷、殘疾證明書等資料向當地所屬殘聯、社會福利部門提出備案申請。 
 
2、企業對殘疾人的保證金進行備案：企業需要向殘聯、社會福利部門提出備案申請，提供本單位繳納的殘疾人保證金的支付憑證和相關記錄。 
 
3、單位殘疾人備案審核：殘聯、社會福利部門對殘疾人和企業提交的資料進行審核，確認合法后備案通過。 
 
例如：某企業繳納殘疾人保證金3000元，經殘聯和社會福利部門審核合格后，企業需向殘聯、社會福利部門提供匯票、支票等支付憑證以及相關的記錄，并簽字確認，由殘聯、社會福利部門正式備案。