在辦理個人所得稅綜合所得年度匯算時，如果對收入納稅信息有異議，可向所在稅務機關申請復議或者提起行政訴訟。在復議、行政訴訟中，納稅人可依據法律、法規要求稅務機關進行復核、改正，以確保納稅人的納稅正當權益。 
 
舉個案例來說，某公司在2019年度匯算實際發生的所得額明顯比稅務機關查出的所得額要多一些，但未及時填寫納稅申報表，稅務機關按照查出的所得額對其辦理綜合所得年度匯算，公司對收入納稅信息有異議，可在30日內提出復議申請。稅務機關作出復議決定后，若公司仍不滿意，可在6個月內向人民法院訴訟。