企業代扣代繳個人所得稅取得的手續費不能繳納增值稅，因為手續費并不屬于營業收入。根據《中華人民共和國增值稅條例》第十六條規定，“營業性收入”是指企業從事營業活動所獲得的各類應稅收入，其中包括銷售貨物、提供勞務、轉讓土地使用權、轉讓無形資產及接受委托辦理各類業務所取得的有形收入。 
 
以一家有限責任公司為例，該公司負責為個體工商戶代扣代繳個人所得稅服務，于年度收取每一家個體工商戶的20元手續費，根據規定，該公司的收入不屬于營業收入，因此不能繳納增值稅。