會計人員通常采用“科目簿法”或“賬簿法”來整理會計憑證。 
科目簿是對借方和貸方的總計算和總登記的抽象，分類處理各種不同的有關財務事項的記錄；會計憑證以科目簿為基礎，作為會計信息的“原始憑證”。在使用科目簿法的過程中，會計人員首先登記各種會計憑證，如：借方憑證、貸方憑證以及各類附屬憑證；其次，對登記過的會計憑證進行分類研究，確定憑證與具體科目之間的關系；最后，在賬簿上標明相應的科目余額及其總數，完成科目簿的歸類統計。 
 
賬簿法是把會計憑證按照發生時間、交易性質、發生方或其他方面綜合登記在活存或定期賬簿上，以小計形式登記各種會計憑證，歸納統計，以便清楚、準確地記錄以及檢查會計事項的實際情況。在使用賬簿法的過程中，會計人員首先根據會計憑證的內容，把會計事項分類后，在對應的賬簿上按一定順序分類登記；其次，將會計憑證分類匯總，將活存賬簿的每條條目的本期借貸方發生額匯總，結合賬簿兩側的余額確認各會計科目本期發生額；最后，將會計憑證匯總歸檔，文件作為會計憑證的基本記錄。 
 
拓展知識：在整理會計憑證的過程中，可以使用計算機輔助會計憑證的整理，實現有效地憑證管理，解決傳統的會計憑證整理的低效性問題。