鄉鎮衛生院的會計日常工作包括資金管理、財務管理、統計報表處理、信息系統管理、稅務等工作。資金管理：要精確計提繳納稅款和單位供款，監督機構經營情況，確保及時準確的支付各項經費，并對資金的利用進行審計；財務管理：辦理會計核算、收繳、支付費用等相關工作；統計報表處理：要求會計核算和匯總工作必須符合財會準則，進行月度、季度和年度會計核算和匯總，擬定財務報表；信息系統管理：維護財務統計系統，保證數據隱私和準確性；稅務：負責稅收申報和繳納，及時準確的完成稅務申報，力求節稅。 
 
鄉鎮衛生院的會計日常工作雖然繁雜，但有規律可循，一般不算太難。另外，為了更好地履行會計工作，使用一些輔助工具是很必要的。例如，通過計算機輔助財務管理軟件可以快速匯總各種信息，以節省時間和精力；通過財務分析軟件可以進行相關的分析，及時發現問題，準確確定財務管理的方向；同時，開發信息系統和稅收系統，也能夠提高效率和有效地管理稅務。