農機合作社的辦理流程主要包括幾個步驟：1.首先，要求合作社申請人提供自己的身份證件、營業執照、組織機構代碼證、信用代碼證書等材料；2.再由主管部門進行審核，審核通過后，農機合作社會向縣級農機服務中心提出注冊申請；3.由縣級農機服務中心審核批準后，農機合作社會向省級農機服務中心提出注冊申請；4.省級農機服務中心審核批準后，農機合作社會取得注冊證書；5.最后，農機合作社會在縣級稅務機關備案，并簽訂相應的合作協議。 
 
為了更好的說明，下面以某縣某農機合作社的申請流程為例：某縣某農機合作社申請人首先向縣級農機服務中心提交了注冊申請，提供了營業執照、組織機構代碼證、信用代碼證書等相關的材料，經縣級農機服務中心審核批準后，合作社會向省級農機服務中心提出注冊申請，由省級農機服務中心審核批準后，取得注冊證書，最后向縣級稅務機關備案，并簽訂相應的合作協議。