在對存貨損失的處理上，會計制度規定：由于預見存貨可能遭受損失或不合市價，出于會計上的“謹慎性”，企業在期末要計提“存貨跌價準備”，但稅法上不予認可；對于正常的存貨損失，會計處理等同于稅法，在本年利潤中直接扣除；對于存貨的非正常損失，會計上分兩種情況在本年利潤中直接扣除，即自然災害損失，在扣除保險公司等賠償后記入“營業外支出”，而因管理不善造成貨物被盜竊、發生霉爛變質等損失，扣除有關責任人員賠償后記入“管理費用”。 非正常損失當年未報稅務機關批準，則不允許在當年及以后年度抵扣；對于正常損耗，雖少了審批這一程序，但也要在證據確鑿后才在當年扣除。