1)總分機構應納所得稅額分攤計算比例
依據《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局公告2012年57號），匯總納稅企業按照《中華人民共和國企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。
總機構按以下公式計算分攤稅款：
總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50%
分支機構按以下公式計算分攤稅款：
所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50%
填報企業所得稅年度納稅申報表時，上述“匯總納稅企業當期應納所得稅額”=表Al00000第31行“實際應納所得稅額”-表Al00000第29行“境外所得應納所得稅額”+表Al00000第30行“境外所得抵免所得稅額”。
某分支機構分攤稅款=所有分支機構分攤稅款總額×該分支機構分攤比例
總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例。上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額，是指分支機構上年度全年的營業收入、職工薪酬數據和上年度12月31日的資產總額數據，是依照國家統一會計制度的規定核算的數據。三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構，三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。
計算公式如下：
某分支機構分攤比例=該分支機構營業收入各分支機構營業收入之和×0.35+該分支機構職工薪酬各分支機構職工薪酬之和×0.35+該分支機構資產總額各分支機構資產總額之和×0.30
在一個納稅年度內，總機構首次計算分攤稅款時采用的分支機構營業收入、職工薪酬和資產總額數據，與此后經過中國注冊會計師審計確認的數據不一致的，不作調整。
2)總分機構處于不同稅率地區的稅款分攤計算方法
對于按照稅收法律、法規和其他規定，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按上述分攤計算比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業的應納所得稅總額，最后按上述分攤計算比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。
3)二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅的情形