1）營改增納稅人使用航信公司開票系統（即金稅盤）開票的，金額欄填寫已繳營業稅未開具營業稅發票的收入數額，稅率欄填0，然后在備注欄注明“稅率為0的銷售額是已繳納營業稅未開具營業稅發票的收入”。 
（2）營改增納稅人使用百旺公司開票系統（即稅控盤）開票的，可以通過編碼的方法解決，基本操作步驟為： 
第一步，進入開票系統后首先選擇商品編碼； 
第二步，進入操作界面，找到自己銷售的服務、無形資產或者不動產對應的商品編碼后點擊操作界面上的“增加”按鈕，然后自編一個商品代碼，將自編的商品代碼的稅率設為0，然后在免稅類型中選擇“不征稅”。完成新代碼編制后點擊操作界面上的“保存”按鈕，完成不征稅代碼的編制工作。 
第三步，在開票系統中選定企業自編的商品代碼，進入增值稅普通發票開票界面，金額欄填寫已繳營業稅未開具營業稅發票的收入數額，金額欄填寫銷售不動產已繳納營業稅的預收款數額，稅率欄選擇不征稅。