違約金的性質是一種補償，補償對象是違約方因為未履行合同業務而給其他締約方造成的損失，如何開具發票，取決于違約金的補償內容。
當事人可以約定一方違約時應當根據違約情況向對方支付一定數額的違約金。違約金的性質是一種補償，補償對象是違約方因為未履行合同業務而給其他締約方造成的損失。因此，如何開具發票，取決于違約金的補償內容。一般而言，違約金補償的內容分為以下兩種。
1、接受方補償提供方的損失
例如A、B兩家企業簽訂銷售合同，約定A企業向B企業銷售貨物一批，B企業自行到A企業指定的第三方倉庫將貨物運走。如果B企業未在約定時間運走貨物，導致A企業為了貯存貨物而多向倉庫運營方支付保管費用，則B企業向A企業支付違約金用于彌補這種損失，屬于《增值稅暫行條例實施細則》第十二條列舉的“價外費用”，應當由A企業向B企業開具發票，B企業憑取得的發票在企業所得稅前扣除。
2、提供方補償接受方的損失
承上例，如果A企業遲延交付貨物，造成B企業產生損失，則A企業向B企業支付的違約金即用于彌補此種損失，此時B企業作為收款方是否應向A企業開具發票?答案是否定的，因為B企業作為買方沒有向A企業提供商品或服務，此項違約金系賣方A企業履行義務瑕疵而承擔的補償責任，屬于銷售折讓的范疇，因此應當由A企業向B企業開具紅字發票，A企業憑紅字發票的記賬聯沖減收入并在企業所得稅前扣除。
以上兩種情形都是合同履行中發生違約而產生的違約金。除此之外，還有一種違約金是補償性質的，是在合同義務未履行即宣告解除的情況下產生的。
3、不應開具發票的違約金
當事人一方在法律規定的范圍內可以向對方給付定金。債務人履行債務后，定金應當抵作價款或者收回。給付定金的一方不履行債務的，無權要求返還定金；接受定金的一方不履行債務的，應當雙倍返還定金。
如果合同因未履行而發生定金沒收或雙倍返還的情形，因為合同義務未履行，沒有發生增值稅應稅行為，因此這種違約補償不能開具發票。因為定金被沒收的一方或雙倍返還定金的一方應當憑借簽訂的合同、支付憑證或其他生效的法律文書(如判決書)作為支付費用的憑證在企業所得稅前扣除。
承上例，假設A企業與B企業約定，由B企業向A企業支付合同定金，而后B企業因故反悔而解除了合同，則A企業因為沒有實際履行合同，沒收的定金就不能向B企業開具發票。B企業可以用銀行付款憑證作為企業所得稅前扣除的依據，并在憑證后附帶支付定金所依據的合同。