根據《國家稅務總局關于外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯出口退稅有關問題的通知》（國稅函〔2010〕162號）第二條規定，外貿企業丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。 
《財政部、國家稅務總局關于出口貨物勞務增值稅和消費稅政策的通知》(財稅〔2012〕39號)規定，外貿企業應單獨設賬核算出口貨物的購進金額和進項稅額，若購進貨物時不能確定是用于出口的，先記入出口庫存賬，用于其他用途時應從出口庫存賬轉出。