你好同學，小規模納稅人收到的農產品免稅發票按發票金額做賬，不可以抵扣進項稅額。
一般納稅人從農業合作社購進用于生產銷售或委托受托加工13%稅率貨物的農產品扣除率10%；納稅人購進用于其他應稅項目的農產品扣除率9%。
農民專業合作社稅收優惠政策
《農民專業合作社法》第五十二條規定：“農民專業合作社享受國家規定的對農業生產、加工、流通、服務和其它涉農經濟活動相應的稅收優惠。支持農民專業合作社發展的其他稅收優惠政策，由國務院規定。”鑒于我國涉農稅收優惠政策分散在不同的法規和政策文件之中，為方便農民專業合作社全面掌握相關內容，現按照稅種對相關優惠政策綜述如下：
一、增值稅
增值稅是對銷售貨物或者提供加工、修理修配勞務以及進口貨物的單位和個人就其實現的增值額征收的一個稅種，也是我國最大的稅種。根據《增值稅暫行條例》規定，一般納稅人的增值稅稅率為17%和13%，小規模納稅人的稅率為3%。
農民專業合作社作為從事銷售貨物(包括農產品、農資等)的單位，應當依法繳納增值稅，但可享受稅收優惠。根據《增值稅暫行條例》、《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅〔2008〕81號)、《國家稅務總局關于粕類產品征免增值稅問題的通知》(國稅函〔2010〕75號)、《財政部、國家稅務總局關于免征蔬菜流通環節增值稅有關問題的通知》(財稅〔2011〕137號)，農民專業合作社可以享受以下增值稅優惠政策：
(一)銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品，免征增值稅。(財稅〔2008〕81號)
(二)向本社社員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免收增值稅。(財稅〔2008〕81號)
(三)銷售飼料，可以享受13%的增值稅優惠稅率(《增值稅暫行條例》第二條)。除豆粕以外的其他粕類飼料產品，均免征增值稅。(國稅函〔2010〕75號)
(四)對以批發、零售方式銷售的蔬菜免征增值稅。蔬菜品種參照《蔬菜主要品種目錄》。經挑選、清洗、切分、晾曬、包裝、脫水、冷藏、冷凍等工序加工的蔬菜，屬于免稅蔬菜范圍。(財稅〔2011〕137號)
此外，增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。(財稅〔2008〕81號)
二、企業所得稅
企業所得稅是對我國境內的企業和其他取得收入的組織(個人獨資企業、合伙企業除外)征收的一個稅種。根據《企業所得稅法》規定，企業所得稅稅率為25%，符合條件的小型微利企業稅率為20%，國家重點支持的高新技術企業稅率為15%。
根據《財政部對全國人大代表有關建議的答復》(財農便〔2009〕20l號)規定，農民專業合作社參照企業所得稅法關于一般企業的規定，享受企業所得稅減免政策。據此，根據《企業所得稅法實施條例》規定，農民專業合作社可享受的企業所得稅優惠政策包括：
(一)從事蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植;農作物新品種的選育;中藥材的種植;林木的培育和種植;牲畜、家禽的飼養;林產品的采集;灌溉、農產品的初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目，可以免征企業所得稅。(《企業所得稅法實施條例》第八十六條)
(二)從事花卉、茶葉以及其它飲料作物和香料作物的種植;海水養殖、內陸養殖，減半征收企業所得稅。(《企業所得稅法實施條例》第八十六條)
三、營業稅
營業稅是對在我國境內提供應稅勞務、轉讓無形資產或銷售不動產的單位和個人，就其所取得的營業額征收的一個稅種。根據《營業稅暫行條例》規定，營業稅稅目稅率依照《營業稅稅目稅率表》執行，大多數稅目的稅率為3%、5%兩檔，娛樂業的稅率為5%到20%，具體由省級人民政府在法定幅度內決定。
根據《營業稅暫行條例》第八條規定，從事農業機耕、排灌、病蟲害防治、植物保護、農牧保險以及相關技術培訓業務、家禽、牲畜、水生動物的配種和疾病防治項目，免征營業稅。
四、契稅
契稅是以所有權發生轉移變動的不動產為征稅對象，向產權承受人征收的一個稅種。根據《契稅暫行條例》規定，契稅稅率為3%到5%，具體適用稅率由省級人民政府在法定幅度內，按照本地區的實際情況決定。
根據《契稅暫行條例細則》(財法字〔1997〕52號)第十五條規定，承包荒山、荒溝、荒丘、荒灘土地使用權，用于農、林、牧、漁業生產的，免征契稅。
五、印花稅
印花稅是以經濟活動中簽立的各種合同、產權轉移書據、營業帳簿、權利許可證照等應稅憑證文件為對象的一個稅種。根據《印花稅暫行條例》規定，印花稅稅率依照《印花稅稅目稅率表》確定，比例稅率為0.05‰到1‰，定額稅率按件收取每件5元。
根據《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅〔2008〕81號)、《國家稅務總局關于對保險公司征收印花稅有關問題的通知》(國稅地字〔1988〕37號)規定，農民專業合作社可享受的印花稅優惠主要包括：
(一)與本社成員簽訂的農業產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。(財稅〔2008〕81號)
(二)農林作物、牧業畜類保險合同，免征印花稅。(國稅地字〔1988〕37號)
六、耕地占用稅
耕地占用稅是對占用耕地建房或者從事其他非農建設為征收對象的一個稅種，屬于一次性稅收。根據《耕地占用稅暫行條例》規定，耕地占用稅以納稅人占用耕地的面積為計稅依據，按照規定的適用稅額一次性征收。稅額按照人均耕地面積和經濟發展情況確定，每平方米5元至50元。
根據《耕地占用稅暫行條例》、《財政部、國家稅務總局關于耕地占用稅平均稅額和納稅義務發生時間問題的通知》(財稅〔2007〕176號)，農民專業合作社可享受以下稅收優惠：
(一)建設直接為農業生產服務的生產設施占用的農用地(林地、牧草地、農田水利設施用地、養殖水面以及漁業水域灘涂等)，不征收耕地占用稅。(《耕地占用稅暫行條例》第十四條)
(二)占用林地、牧草地、農田水利用地、養殖水面以及漁業水域灘涂等其他農用地的適用稅額，可適當低于占用耕地的適用稅額。(財稅〔2007〕176號)
七、城鎮土地使用稅
城鎮土地使用稅是以開征范圍的土地為征稅對象，對擁有土地使用權的單位和個人征收的一個稅種。根據《城鎮土地使用稅暫行條例》規定，城鎮土地使用稅稅額為每平方米0.9元到30元，具體稅額由地方政府根據市政建設情況、經濟繁榮程度等條件確定。
根據《城鎮土地使用稅暫行條例》第六條規定，直接用于農、林、牧、漁業的生產用地免征城鎮土地使用稅，財政部另行規定的免稅水利設施等用地，免征城鎮土地使用稅。
八、房產稅
房產稅是以房屋為征稅對象，向產權所有人征收的一個稅種。根據《房產稅暫行條例》規定，房產稅依照房產余值計算繳納的，稅率為1.2%;依照房產租金收入計算繳納的，稅率為12%。
根據《國家稅務總局關于調整房產稅和土地使用稅具體征稅范圍解釋規定的通知》(國稅發〔1999〕44號)規定，農林牧漁業用地和農民居住用房屋及土地，不征收房產稅。
九、車船稅
車船稅是對在我國境內車輛、船舶，按照規定的計稅依據和年稅額標準計算征收的一個稅種。根據《車船稅法》規定，車船的稅額依照《車船稅稅目稅額表》執行。車輛具體稅額由省級人民政府依照法定幅度和國務院規定確定。船舶具體稅額由國務院在法定稅額幅度內確定。
根據《車船稅法》第三條規定，捕撈、養殖漁船免征車船稅;農村居民擁有并主要在農村地區使用的摩托車、三輪汽車和低速載貨汽車，定期減征或者免征車船稅。
十、車輛購置稅
車輛購置稅是對在我國境內購置應稅車輛的單位和個人征收的一個稅種。根據《車輛購置稅暫行條例》規定，車輛購置稅稅率為10%。
根據《財政部、國家稅務總局關于農用三輪車免征車輛購置稅的通知》(財稅〔2004〕66號)規定，農用三輪車免征車輛購置稅。
附：農民專業合作社稅收優惠政策整理
1、農民專業合作社取得的涉農財政性資金，暫不計入收入總額計算應納稅所得額。
2、農民專業合作社取得的捐贈收入，暫不計入收入總額計算應納稅所得額。
3、農民專業合作社對農村交通等公共設施建設的支出，列入農民專業合作社的固定資產，分期折舊在稅前予以扣除。
4、經營采摘、觀光農業的農民專業合作社，從事農、林、牧、漁業項目的所得，按《中華人民共和國企業所得稅法》第二十七條規定減免企業所得稅。
5、農民從農民專業合作社取得的盈余返還，為農民銷售自產農產品所得，免征個人所得稅。
6、農民專業合作社用于臨時性生產用房的城鎮土地使用稅和房產稅，納稅確有困難的，可申請困難性減免。
以上所稱農民專業合作社，是指依照《中華人民共和國農民專業合作社法》規定設立和登記的農民專業合作社，上述規定自2008年1月1日起執行。