這個要具體情況具體計算。你看看下面
1、假設(shè)該勞務(wù)派遣公司是小規(guī)模納稅人
（1）該公司采取簡易計稅的，應(yīng)繳納的增值稅=100萬/（1+3%）*3%=2.91萬元。該公司應(yīng)該開具100萬的普票，或者開具100的專票，發(fā)票上價款為97.09萬元，稅額就是2.91萬元。
（2）該公司采取差額計稅的，應(yīng)繳納的增值稅=（100- 90）/（1+5%）×5%=0.48 萬元。該公司應(yīng)該通過差額征稅開票功能開具專票，專票上的價款是995238.1元，稅款就是4761.9元；也可以開具一張100萬的增值稅普通發(fā)票，價款是97.09萬元，稅款是2.92萬元；還可以開一張90萬元的普票（價款是87.38萬元，稅款是2.62萬元）和一張10萬元的專票（價款是9.53萬元，稅款是0.48萬元）。
2、假設(shè)該勞務(wù)派遣公司是一般納稅人
（1）該公司采取一般計稅的，增值稅的銷項稅=100/（1+6%）*6%=5.66萬元，減去公司當(dāng)月可抵扣的進項稅，就是公司應(yīng)該繳納的增值稅了。該公司應(yīng)該全額開具100萬的普通發(fā)票，或者全額開具100萬的專用發(fā)票，價款是94.34萬元，稅款是是5.66萬元。
（2）該公司采取差額計稅的，應(yīng)繳納的增值稅=（100- 90）/（1+5%）×5%=0.48 萬元。該公司應(yīng)該通過差額征稅開票功能開具專票，專票上的價款是995238.1元，稅款就是4761.9元；也可以開具一張100萬的增值稅普通發(fā)票，價款是94.34，稅款是5.66萬元；還可以開一張90萬元（價款是84.91萬元，價款是5.1萬元）的普票和一張10萬元的專票（價款是9.53萬元，稅款是0.48萬元）。