按照《關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）規定，建筑業采用簡易計稅的情況下，建筑企業總包扣除分包差額計稅，即按照（總包額-分包額） ÷（1+3%） ×3%.在工程施工所在地進行預繳增值稅和在建筑企業注冊所在地零申報增值稅。

根據《納稅人跨縣（市、區）提供建筑服務增值稅征收管理暫行辦法》（國家稅務總局2016年公告第17號）第四條、第五條、第七條和國家稅務總局公告2016年第53號第八條和《國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點有關稅收征收管理事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第23號）第四條第（三）項的規定，建筑企業 跨縣（市、區）提供建筑服務，按照以下規定差額預繳增值稅。

第一，一般納稅人的建筑企業總承包方跨縣（市、區）提供建筑服務，適用一般計稅方法計稅的，以取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款后的余額，按照2％的預征率計算應預繳稅款。

計算公式如下：

應預繳稅款=（全部價款和價外費用-支付的分包款） ÷（1+11%）×2%

第二，一般納稅人的建筑企業總承包方跨縣（市、區）提供建筑服務，選擇適用簡易計稅方法計稅的，以取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款后的余額，按照3%的征收率計算應預繳稅款。

計算公式如下：

應預繳稅款=（全部價款和價外費用-支付的分包款） ÷（1+3%）×3%

第三，小規模納稅人的建筑企業總承包方跨縣（市、區）提供建筑服務，以取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款后的余額，按照3%的征收率計算應預繳稅款。

計算公式如下：

應預繳稅款=（全部價款和價外費用-支付的分包款） ÷（1+3%）×3%

第四，建筑企業取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款后的余額為負數的，可結轉下次預繳稅款時繼續扣除。營改增以后，民工工資不能再走工資表形式，必須要走“跟建筑勞務公司簽清包工合同”。這樣是互惠互利，達到雙贏。故大型的建筑企業集團，可以考慮成立一家建筑勞務公司。