丟失了增值稅專用發票后，首先應分清丟失發票的責任，如是銷售方的責任，應接受稅務機關作出的未按規定保管發票的處罰。

而如是購買方的責任，需要求對方出具丟失發票的說明或主管稅務機關對其未按規定保管發票行為的處罰證明，然后分下列情況處理: 

1、銷售方丟失增值稅專用發票 

(1)丟失空白未開具的增值稅專用發票的，首先按規定程序向銷售方當地主管稅務機關、公安機關報失，接受稅務機關處罰;其次，由主管稅務機關代收取“掛失登報費”，并將丟失專用發票的納稅人名稱、發票份數、字軌號碼、蓋章與否等情況，統一傳(寄)中國稅務報社等稅務報刊雜志上刊登“遺失聲明”。 

(2)銷售方丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯的，待申報、報稅后向主管稅務機關申請出具《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，并把該證明和丟失發票的記賬聯復印件交購買方抵扣。

(3)銷售方丟失已開具專用發票的抵扣聯、發票聯其中一聯(兩聯沒有全部丟失)的:可讓購買方使用未丟的聯次到主管稅務機關認證和記賬，復印件留存備查。

2、購貨方丟失增值稅專用發票 

(1)如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。 

(2)如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。