來料加工與進料加工有以下區(qū)別： 
1. 來料加工是對方來料，我方按其規(guī)定的花色品種、數(shù)量進行加工，我方向?qū)Ψ绞杖〖s定的加工費用；進料加工是我自營的業(yè)務，自行進料，自定品種花色，自行加工，自負盈虧。 
2. 進料加工，進是一筆買賣，加工再出口又是一筆買賣，在進出口的合同上沒有聯(lián)系；來料加工原料進口和成品出口往往是一筆買賣，或是兩筆相關(guān)的買賣，原料的供應往往是成品承受人 
3. 來料加工的雙方，一般是委托加工關(guān)系，部分來料加工，雖然包括我方的一部分原料，在不同程度上存在買賣關(guān)系，但一般我方為了保證產(chǎn)品的及時出口，都訂有對方承購這些產(chǎn)品的協(xié)議，進料加工再出口，從貿(mào)易對象來講，沒有必然的聯(lián)系，進歸進，出歸出，我和對方都是商品買賣關(guān)系，不是加工關(guān)系。
來料加工增值稅：1 來料加工出口貨物免征增值稅；2 加工企業(yè)取得的工繳費收入免征增值稅。3出口貨物所耗用的國內(nèi)貨物所支付的進項稅額不得抵扣，轉(zhuǎn)入生產(chǎn)成本，其國內(nèi)配套的原材料的已征稅款也不予退稅。
進料加工增值稅:進料加工業(yè)務進口料件一般是免征增值稅的，出口時免稅進口料件這部分對應的進項稅額是不存在退還的，所以我們在計算免抵退稅時，要計算一個免抵退稅額不得免征和抵扣稅額的抵減額。
來料加工關(guān)稅：進口時免征關(guān)稅，出口時對成品也不征收出口關(guān)稅。
進料加工關(guān)稅：按加工后復出口的數(shù)量免征進口關(guān)稅，出口時這部分材料免征出口關(guān)稅。
進料加工：進口時免稅，出口時與其他出口產(chǎn)品一起計算退稅時，就要計算“免抵退稅抵減額”，因為外銷收入中包含免稅進口料件，如果按照外銷收入計算的免抵退稅就高于實際的免抵退稅額，所以要計算一個抵減額用于調(diào)整免抵退稅額；同時要計算“免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額”，因為“免抵退稅不得免征和抵扣稅額”調(diào)整的是征稅率高于退率稅不得免抵退稅的部分，但外銷收入中含了進料加工使用的免稅材料的價值，進料加工進口材料本來就是免稅的，不存在免抵退的問題，如不調(diào)減就多計了不得免抵退稅額。
來料加工：進口時免稅，出口時也免稅，只要單獨核算，就不存在退稅計算的問題。但是如果耗用的境內(nèi)原材料的部分與內(nèi)銷或一般出口貿(mào)易、進料加工貿(mào)易無法劃分的，原則上應該按照銷售比例，計算不得抵扣稅額，調(diào)整當期的進項稅額。
對于來料加工和進料加工可以這樣理解：來料加工視同銷售免稅貨物，所以耗用的境內(nèi)購進的材料負擔的增值稅進項稅是不能抵扣的。
進料加工視同銷售自產(chǎn)貨物，出口適用零稅率，可以抵扣購進材料負擔的增值稅進項稅。